La Junta de Disciplina se conforma por 12 miembros designados en igual proprción por AFIP y AEFIP, y por lo menos debe contar con 2 abogados, uno por cada institución.
La Junta debe emitir opinión respecto a los sumarios administrativos iniciados por razones de disciplina, relativos a: la ampliación del sumario o medidas de mejor proveer, la declaración de existentia de responsabilidad dsiciplinaria y también de la falta de la misma, el monto del perducio fiscal que se hubiera determinado y su imputabilidad.
La Junta puede proponer el dictado de nueva normativa que perfeccione o mejore las relaciones, los controles y evite repetición de ciertos hechos.
La Junta puede: revisar el sumario, estar de acuerdo con su resolución, corregirlo, contraponerse a lo allí indicado, entre otras cuestiones. Lo que dictamina la Junta sirve de fundamento para la decisión de las autoridades superiores.
La Junta interviene una vez finalizados los sumarios y funciona como un tribunal para sentar posición frente a una situación determinada con un trabajador/a y lo que resuelve sienta jurisprucencia interna.